El solar de Dueñas, un alto cerro en cuya cima existió entre los siglos IX y XIX un castillo desde el que se dominaba la vega del Pisuerga, ha sido un lugar muy frecuentado por ancestrales pueblos, de los que en algunos casos apenas nos han llegado vestigios de su paso por estas tierras, pues sus culturas nos quedan muy lejanas. Se dice que hay vestigios de asentamientos de la Edad del Hierro. Posteriormente, los romanos construyeron un poblado que llamaban Eldana y la magnífica villa Possídica que se conserva en la clausura del monasterio de San Isidro. 

El nombre de Dueñas hace referencia a las monjas que fundaron el cenobio de Santa María de Remolino a mediados del siglo IX y que eran conocidas como «Domnas».

Las primeras noticias que se conocen de la fortaleza eldanense corresponden al año 875, cuando Alfonso III de Asturias, llamado el Magno, repobló la zona con gentes llegadas del norte y mandó restaurar el castillo, que se cree que fue destruido durante la razzia musulmana del año 854. La fortaleza y la villa volvieron a ser arrasadas por las huestes sarracenas de Almanzor el año 984. 

En el año 1078, Alfonso VI de León y Castilla otorgó el Fuero de Dueñas. A finales del siglo XI, figuraba como tenente del castillo, villa y alfoz de Dueñas Rodrigo Díaz de Vivar, más conocido como «El Cid Campeador», que fue desterrado de Castilla por el rey en el verano de 1081. 

En septiembre de 1170, Alfonso VIII el de la Navas, apoyado por su ayo, Gutierre Fernández de Castro, contrajo matrimonio  con Leonor de Plantagenet, hija de Enrique II de Inglaterra y de Leonor de Aquitania, en la villa de Tarazona (Zaragoza). El matrimonio no tuvo descendencia hasta 1179 (él tenía catorce años y ella, ocho en el momento del enlace). Algunas crónicas dicen que la villa de Dueñas fue donada por Alfonso a Leonor como dote al casarse. A finales del siglo XII, figuraba Fernando Rodríguez de Castro como tenente de la villa y su fortaleza, que al igual que su pariente, el ayo real, eran descendientes del poderoso linaje de los Banu Gómez. 

En 1367, durante la fratricida guerra entre los hermanastros Pedro I y Enrique, conde de Trastámara, que terminó en el Regicidio de Montiel, la villa y el castillo fueron tomados por las huestes del entonces ya rey Enrique II el de las Mercedes tras un mes de asedio para luego entregárselas a su dama de honor, Leonor Álvarez.

En 1397, Enrique III concedió a Dueñas el privilegio de villa de realengo y el compromiso de que jamás se cambiaría ese estado, un honor que luego ratificaría Juan II, si bien en 1439 acabó permutando la villa de Dueñas con Pedro Vázquez de Acuña por otras localidades.

Durante la época de los Reyes Católicos, la villa de Dueñas estuvo muy ligada a los monarcas, incluso antes de su proclamación, ya que en 1469 sirvió de alojamiento al joven Fernando, entonces rey de Sicilia y príncipe de Aragón, días antes de contraer matrimonio con la princesa Isabel en Valladolid. Al año siguiente volvieron a Dueñas, instalándose en el palacio de los Acuñas, donde nació su primera hija, Isabel. En 1475, siendo ya reyes de Castilla y León, otorgaron el título de conde de Buendía a Pedro Vázquez de Acuña en agradecimiento a los servicios prestados. A la localidad regresó Fernando el Católico a contraer su segundo matrimonio con Germana de Foix el 19 de octubre de 1505.

En la guerra de las Comunidades, los habitantes de la villa se levantaron contra los condes y tomaron el palacio, la fortaleza y el puente. El obispo Antonio de Acuña, del linaje de los señores de Dueñas, se puso al frente de los comuneros-villanos de Dueñas y enero de 1521 montaron una gran ofensiva que les llevó a saquear las villas de Magaz de Pisuerga, Tariego y Fuentes de Valdepero a la vez que obligaron a varios pueblos de la comarca del Cerrato a que aportasen hombres, caudales y materiales diversos con el fin de reforzar la revuelta comunera de la localidad eldanense. 

Tras la derrota comunera en Villalar el 23 de abril de 1521, los condes de Buendía reprimieron con dureza la revuelta comunera de su villa, a pesar del perdón real y de la solicitud de clemencia por parte del Concejo Municipal que consideró que los posibles delitos cometidos fueron contra particulares.

En el año 1547, doña María de Acuña, heredera de los condes de Buendía, se casó con Juan de Padilla y Manrique, adelantado mayor de Castilla, a cuyo matrimonio aportó el señorío de Dueñas. 

En 1664, el noveno duque de Medina Sidonia fue desterrado de la Corte por su participación en el levantamiento de Andalucía en 1641, por lo que, para su exilio, alquiló al adelantado mayor de Castilla sus casas de Dueñas, donde murió a los pocos días de llegar, el 4 de noviembre de 1664.

 En 1786 se firmó el acta final del pleito presentado por los vecinos de Dueñas en contra de la existencia del señorío, cuya sentencia les fue favorable, pero este siguió existiendo.

Guerra de la Independencia. Durante la guerra de la Independencia, dada la importante y estratégica situación de Dueñas en el Camino Real de Madrid a Irún, la villa fue ocupada por el ejército francés que estableció su cuartel general de la zona en el vecino monasterio cisterciense de San Isidro. José Bonaparte, alias Pepe Botella, pasó algún tiempo en la villa.

La construcción del Canal de Castilla a su paso por los territorios del municipio de Dueñas durante el año 1829 supuso tres severas amputaciones al patrimonio de la villa: la utilización de piedras del castillo y de la muralla para su construcción, el empleo de las piedras del puente fortificado para la construcción de la caja del canal y el desvío del cauce del río Pisuerga. 

El castillo se levantaba sobre lo alto del cerro rodeado por un profundo foso y en una estratégica posición de dominio sobre sus estribaciones.  Junto a las fortalezas de Tariego, Magaz y Cevico de la Torre, ejercía un férreo control sobre un muy amplio espacio circundante, incluida la ruta de Simancas al valle del Pisuerga. 

La cerca que guardaba la villa de Dueñas tenía cuatro puertas aunque ahora sólo se conserva una, la Puerta de los Remedios. Coronada por un elevado torreón con doble arco apuntado, da cobijo a la ermita dedicada la virgen del mismo nombre. Se accede a través de un puente que salva el arroyo Valdesanjuán, que discurre paralelo a la muralla y actúa como foso natural.

De interés. En 1928, cuando ya la villa había perdido todo lustre e influencia de su glorioso pasado, Alfonso XIII otorgó a Dueñas el título de ciudad. Posteriormente, en 1967, fue declarada Conjunto Histórico Artístico. Destacan la iglesia de Santa María, del siglo XII con elementos románicos, góticos, barrocos y neoclásicos; el convento de San Agustín, de estilo herreriano del siglo XVI; la iglesia de las Madres Teresianas, y el antiguo Hospital de Santiago Apóstol del siglo XV. En su término municipal se encuentra el monasterio de San Isidro de Dueñas, conocido popularmente como La Trapa, por la llegada e instalación de un grupo de monjes de la orden trapense en diciembre de 1891, quienes iniciaron la fabricación de chocolate.