El hoy despoblado lugar llamado San Cebrián de Buena Madre fue un municipio del Cerrato que a mediados del siglo XIX pasó a ser una pedanía del municipio de Valbuena de Pisuerga situada en el límite con la provincia de Burgos.
Se cree que en el solar que aún ocupa el despoblado San Cebrián, también lo fue de algún tipo de poblamiento durante la dominación romana de la península ibérica, pues hace años se encontraron en las inmediaciones restos de algunas edificaciones que hacen pensar en la posible existencia de una villa romana.
El nombre de la población, San Ciprián, dicen que viene por San Cipriano mártir de Cartago en el siglo III, venerado por los mozárabes desde el siglo X. Aunque etimológicamente, el vocablo Cipriano significa chipriota, natural de Chipre. Y el apellido de Buena Madre viene del latín Bona Mater referida a María, madre de Jesús de Nazaret.
La primera referencia documental en la que aparece mencionada su existencia corresponde a un documento del año 872 por el que Alfonso III el Magno, último rey de Asturias y primero de León, hacía donación al monasterio de San Miguel de Valbuena de Pisuerga de la Dehesa de Bona-Mater, citando después a Sancti Cipriano.
En la catedral de Burgos se conserva la carta de arras del contrato matrimonial entre don Rodrigo Díaz de Vivar y doña Jimena Fernández, hija de don Diego Fernández, conde de Oviedo, fechado el 19 de julio de 1074, por el que Rodrigo otorgaba parte de sus bienes a su esposa.
La dote de Jimena consistió en el monasterio de San Cebrián de Buena Madre, tres villas íntegras (Vallecillo, Espinosilla de San Bartolomé y La Nuez de Abajo) y diversas heredades en otras treinta y cuatro villas. En el mismo documento, ambos contrayentes se nombran uno a otro herederos universales de todos sus bienes profiliatio mutua que sólo pasarán a sus hijos después de la muerte de ambos esposos. Jimena solo perdería las arras y la herencia de Rodrigo en caso de contraer un segundo matrimonio.
La Dehesa de Buena Madre era un frondoso bosque cuyo aprovechamiento y disfrute de leña, pastos y caza era de carácter comunal para el goce y disfrute de las poblaciones de la comarca; lo que provocó desavenencias que llegaron a varios pleitos, forzando a la corona, en aquel momento ostentada por Alfonso X el Sabio, a ordenar en 1270 que se practicaran deslindes jurisdiccionales para cada población.
Juan de Castro Mújica, regidor de Castrojeriz y comerciante con muy florecientes negocios en Flandes, casado con doña Inés de Frómista, cuyo matrimonio tenía adjudicado su lugar de enterramiento en la capilla de Santa Ana dentro de la Colegiata de Nuestra Señora del Manzano en Castrojeriz, compró a principios del siglo XVI el señorío de San Cebrián de Buena Madre a la abadía de Santillana del Mar (Cantabria) con el compromiso de reedificar y ampliar la iglesia, contraído este ante el obispo de Burgos, Pascual de Rebenga, bajo cuya jurisdicción eclesial se encontraba el señorío. En 1512, los Castro Mujica-Frómista permutaron varias heredades que poseían en Astudillo por las que tenían las monjas de Santa Clara de esta localidad en San Cebrián.
Durante el primer cuarto del siglo XVI, el matrimonio Castro Mújica-Frómista construyó un fortificado palacio en San Cebrián de Buena Madre. Se trata de un magnífico edificio rectangular de dos plantas en torno a un patio central, que cuenta en cada una de sus esquinas con un torreón cilíndrico rematado con almenas y varias aspilleras estrechas que le servían para su defensa. En la fachada principal, destaca el espléndido escudo de la familia Castro Múgica-Frómista.
Merindad de Monzón.
En el censo de pecheros realizado en 1528, San Cebrián estaba incluido en la Merindad de Monzón y contaba con 374 vecinos pecheros. Sesenta y seis años después, en el censo de los millones realizado en 1591, aparecía San Cebrián de Buena Madre con tan sólo 21 vecinos pecheros.
Entre 1826 y 1829, Sebastián de Miñano y Bedoya, oriundo de Becerril de Campos, publicó su gran obra Diccionario geográfico-estadístico de España y Portugal compuesta por once volúmenes; en ella recogía que en San Cebrián de Buena Madre vivían diez vecinos y 41 habitantes, que contribuían con 195 reales y catorce maravedís, además de tener enajenados derechos por valor de 33 reales y 18 maravedís. La población de San Cebrián de Buena Madre disminuía con rapidez.
A mediados del siglo XIX pertenecía al partido judicial de Astudillo, cuyo casco urbano lo formaban seis casas, el antiguo palacio, la iglesia y un batán para paños que se elaboran en Astudillo. La población era de cuatro vecinos y 21 habitantes. A partir de 1857 desapareció como municipio incorporándose al Ayuntamiento vecino de Valbuena de Pisuerga.
La iglesia parroquial, dedicada a Santa Juliana, es de finales del siglo XV y de estilo gótico. Alberga en su interior dos sepulcros renacentistas con estatuas yacentes de don Juan de Castro Múgica y de doña Inés de Frómista, patronos del templo.